Hoàng hậu của Sekhemkhet có thể là Djeseretnebti, nhưng mà tên gọi này lại không đi kèm với bất cứ tước hiệu nào của nữ hoàng, và các nhà Ai Cập học vẫn tranh cãi về ý nghĩa thật sự và cách đọc của tên gọi này.[9] Tên gọi này cũng có thể được đọc theo một cách khác là Djeser-Ti và được đồng nhất với tên đồ hình Djeser-Teti được ghi lại trong bản danh sách vua Saqqara với tư cách là vị vua kế vị tiếp của Djoser.[10] Sekhemkhet chắc chắn đã có vài người con trai và con gái, nhưng cho đến nay vẫn chưa tìm thấy tên của bất kỳ ai.